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首個鯤鵬農業(yè)科研高性能計算平臺助力基因育種與多組學分析能力提升

華為數字中國 ? 來源:華為數字中國 ? 2024-12-28 15:09 ? 次閱讀

在全球科技競爭日益激烈的今天,推動前沿生物技術的創(chuàng)新應用成為國家科技發(fā)展的核心任務之一。作為中國農業(yè)科研領域的重要機構,中國農業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所(以下簡稱牧醫(yī)所)以其深厚的科研實力和強大的技術積淀,以“服務行業(yè),服務政府,服務社會”為己任,為我國“三農”事業(yè)發(fā)展作出了重要貢獻。

隨著人工智能大模型、物聯(lián)網、大數據等技術的深入應用,科學研究更加依賴于算力、存力等基礎施的先進性。2024年9月20日,中國農業(yè)科學院與華為簽署戰(zhàn)略合作協(xié)議,共同推進農業(yè)科學研究。通過構建高性能計算平臺,為基因組育種、多組學分析等前沿生物技術應用提供支撐。

新時代科研創(chuàng)新對數據基礎設施

提出了更高的要求

隨著基因組學、轉錄組學、蛋白質組學和代謝組學等多組學分析技術的迅速發(fā)展,農業(yè)領域對數據處理和計算能力的需求也在急劇增長。牧醫(yī)所作為國內農業(yè)科學研究的重鎮(zhèn),堅持“四個面向”,建設“兩個一流”,引領我國畜牧科技跨越發(fā)展,為實現畜牧業(yè)現代化提供科技支撐。然而,在日??蒲泄ぷ髦校蒲腥藛T面臨著以下幾個主要問題:

大規(guī)模數據分析任務對大算力需求陡增

基因組數據和多組學數據的生成速度和數據量極為龐大,傳統(tǒng)的計算資源和技術難以滿足如此高強度的數據處理和分析需求。科研項目復雜度的提升使得對計算能力的需求呈指數級增長,而現有的計算資源無法高效支撐如此大規(guī)模的分析任務,導致科研效率和成果轉化速度受限。如:基因關聯(lián)分析的場景,傳統(tǒng)的方式采用串行的方式,一個算法運行完之后才能運行下一個算法,分析時間長,另外隨著數據量暴漲、算法的復雜度的提升,對算力的性能要求也越來越高,傳統(tǒng)的算力已無法滿足需求。

多樣化科研需求需要靈活高效的異構計算能力支撐

牧醫(yī)所主要的科研方向涉及多個領域,包括動物遺傳育種、動物生物技術與繁殖、動物營養(yǎng)與飼料等。這些領域的研究需要多種計算方式的綜合應用,涵蓋從大規(guī)模數據存儲、實時計算到復雜的模型仿真等多層次、多維度的需求。如何靈活調度和高效利用異構計算資源成為一大挑戰(zhàn)。

高效管理、分析并共享海量數據

大量的實驗數據需要被有效存儲、處理和共享。在數據治理方面,傳統(tǒng)的管理方式往往難以保障數據的完整性和安全性,也影響了跨團隊、跨學科的協(xié)作效率。如何高效管理、分析并共享這些海量數據,成為提升科研效率的關鍵。

鯤鵬高性能計算平臺迎接挑戰(zhàn)

針對牧醫(yī)所在高性能計算方面面臨的挑戰(zhàn),華為提供了基于鯤鵬的高性能計算平臺及解決方案,包括:應用優(yōu)化、管理調度、基礎軟件、基礎硬件能力,幫助牧醫(yī)所實現了從計算資源到數據管理的全面升級。

華為高性能計算解決方案架構

鯤鵬+昇騰

構建高效的計算平臺

華為的高性能計算平臺基于自有的昇騰AI計算芯片,結合鯤鵬服務器和全棧存儲解決方案,為科研團隊提供了強大的計算能力。昇騰AI芯片專為AI和大數據計算設計,能夠處理復雜的生物學計算任務,如基因組序列比對、多組學數據分析等。鯤鵬服務器則提供了極高的并行計算能力,能夠支持大規(guī)模的科學計算和高性能數據處理。

湖倉一體,實現數據的高效存儲與治理

華為結合其云計算和大數據技術,幫助牧醫(yī)所搭建了統(tǒng)一的科研數據平臺。該平臺能夠支持大數據的存儲、治理與分析,通過數據湖和數據倉庫的深度整合,實現了數據的全生命周期管理。數據治理平臺通過智能化的數據清洗、轉換和分析技術,提高了數據的準確性和利用效率,為科研人員提供了更為精準的數據支持。

多瑙管理平臺,實現智能調度與計算資源靈活應用

在科研項目中,不同的科研需求需要使用不同類型的計算資源。華為高性能計算平臺能夠根據具體需求,靈活調度計算資源,優(yōu)化計算任務的執(zhí)行路徑,不僅大幅提升了計算效率,還降低了資源浪費,實現了計算能力的最大化利用。

多瑙管理平臺

科技賦能

助力農業(yè)提質增效

農業(yè)科研軟件鯤鵬遷移適配后,性能提升明顯

農業(yè)科研運行軟件過去以X86架構為主,2023年開始,華為與牧醫(yī)所科研團隊進行了深入溝通,在對科研一線的具體現狀做了充分了解后,依托北京鯤鵬創(chuàng)新中心,陸續(xù)為農科院開展生信軟件適配工作,目前已適配了如:stringtie、subread、htslib、Salmom、BWA、hisat2、R、python、plink、STAR、fastp、anaconda、bcftools、gatk、gffread、vcftools、Rstudio、souporcell、GCTA、aspera、DecodeGenetics、busco等數十款軟件,為農業(yè)科研在自主創(chuàng)新路線上奠定了基礎,從可用到好用實現了飛躍。

加快基因育種,為畜禽新品種研發(fā)提速

基因育種是提高養(yǎng)殖效率、畜產品品質和抗病力的關鍵技術之一。傳統(tǒng)的基因育種研究依賴大量的實驗數據和計算分析,尤其是在基因組分析方面、計算能力至關重要。借助華為高性能計算平臺,牧醫(yī)所能夠高效處理海量基因組數據,加速了畜禽新品種培育的研發(fā)過程。同時,平臺強大的計算能力還幫助科研人員通過更精確的基因編輯技術,實現了更加精準的育種目標。經測試,在鯤鵬服務器(2.6GHz)與X86架構服務器(2.6GHz)兩種技術路線下,并且在軟件、流程、線程數均保持一致的條件下,鯤鵬服務器能提升明顯(11%-258%),平均提升60%以上。通過與華為的合作,牧醫(yī)所在多個研究領域實現了重要突破,特別是在基因育種和多組學分析方面,取得了顯著的成果。

大規(guī)模、多維度數據分析能力,支撐多組學分析深入開展

多組學分析通過對基因組學、轉錄組學、蛋白質組學等數據整合研究,能夠為農業(yè)研究提供更為全面的視角,推動精準農業(yè)的發(fā)展。華為高性能計算平臺為牧醫(yī)所提供了支持大規(guī)模、多維度數據分析的能力,大幅提升了多組學數據的處理速度和準確度??蒲腥藛T能夠在更短的時間內獲得更為全面的科研結果,為動物遺傳資源與育種、動物生物技術與繁殖等提供了更有力的支持。

跨學科協(xié)作的促進

由于農業(yè)科研涉及多個學科領域,跨學科的協(xié)作變得至關重要。華為高性能計算平臺通過提供高效的數據共享和分析環(huán)境,打破了原有的學科壁壘,促進了各科研團隊之間的合作。無論是在基因組學、農業(yè)生態(tài)學,還是在氣候變化研究等領域,科研人員都能夠實現數據的實時共享和互通,有效地提升了研究的協(xié)同效率。

推動農業(yè)科技創(chuàng)新和數字化轉型

華為與牧醫(yī)所的合作,不僅解決了農業(yè)科研中的計算和數據管理難題,還推動了中國農業(yè)科技的數字化轉型和智能化升級。

提升科研效率與創(chuàng)新能力

華為高性能計算平臺的引入,提升了牧醫(yī)所科研的效率與創(chuàng)新能力??蒲腥藛T能夠更加專注于科學探索,減少了因計算和數據處理帶來的時間成本。隨著計算技術的進一步發(fā)展,未來更多的農業(yè)科研將依托先進的技術手段實現更快速、更精準的突破。

科技創(chuàng)新與自立自強

隨著數據分析和計算能力的提升,精準農業(yè)和智能化決策在農業(yè)科研和生產中的應用前景廣闊;動物遺傳與育種、動物生物技術與繁殖、動物營養(yǎng)與飼料等領域的研究與管理將更加高效,推動了農業(yè)現代化的進程,有助于加快實現高水平農業(yè)科技自立自強,推動農業(yè)領域的科技創(chuàng)新。

為全球農業(yè)科技提供示范

牧醫(yī)所作為國家級社會公益性畜牧獸醫(yī)綜合科技創(chuàng)新研究機構,華為作為全球高科技企業(yè)的典范,雙方的合作將展現中國在農業(yè)科技領域的創(chuàng)新實力,共同引領中國農業(yè)科技創(chuàng)新范式轉型,智慧賦能中國農業(yè)農村現代化建設。

未來,隨著技術的不斷進步與合作的深入,華為與牧醫(yī)所將在推動農業(yè)科技自立自強、實現數字農業(yè)轉型等方面繼續(xù)邁出堅實步伐,為全球農業(yè)可持續(xù)發(fā)展作出更大貢獻。

聲明:本文內容及配圖由入駐作者撰寫或者入駐合作網站授權轉載。文章觀點僅代表作者本人,不代表電子發(fā)燒友網立場。文章及其配圖僅供工程師學習之用,如有內容侵權或者其他違規(guī)問題,請聯(lián)系本站處理。 舉報投訴
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原文標題:首個鯤鵬農業(yè)科研高性能計算平臺上線應用,助力基因育種與多組學分析能力提升

文章出處:【微信號:HWS_yunfuwu,微信公眾號:華為數字中國】歡迎添加關注!文章轉載請注明出處。

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