CRISPR-Cas9系統(tǒng)除了基因編輯,還有基因標(biāo)靶的能力。近日,刊登于《Nature Biomedical Engineering》的一篇研究提及,將CRISPR與石墨烯制成的電子晶體管結(jié)合,制成一種新型手持式基因檢測(cè)工具CRISPR芯片(CRISPR-Chip),它能夠在幾分鐘內(nèi)檢測(cè)到特定的基因突變,未來(lái)可望應(yīng)用于快速診斷遺傳疾病及評(píng)估基因編輯的精準(zhǔn)性。
為了利用CRISPR的基因標(biāo)靶能力,該研究團(tuán)隊(duì)使用失活的Cas9蛋白,它能找到DNA的特定位置但不會(huì)切割它,并將其連接到由石墨烯制成的晶體管上。當(dāng)CRISPR復(fù)合物在其標(biāo)靶的DNA上找到斑點(diǎn)時(shí),它與其結(jié)合并觸發(fā)石墨烯的電導(dǎo)率的變化,進(jìn)而反過(guò)來(lái)改變晶體管的電特性。
與眾不同的是,該研究的CRISPR技術(shù)開(kāi)發(fā)是利用納米電子技術(shù)檢測(cè)DNA樣本基因突變,直接省去PCR流程(PCR-free/ Amplification-free),不再局限于實(shí)驗(yàn)室,同樣可在其他環(huán)境下直接進(jìn)行檢測(cè)。例如,它能在醫(yī)生辦公室或野外工作環(huán)境中進(jìn)行基因檢測(cè),而無(wú)需將樣品送到實(shí)驗(yàn)室。美國(guó)克萊蒙特麥金納學(xué)院(Claremont McKenna College)凱克研究所(KGI)的助理教授Kiana Aran談到,石墨烯電晶體具有極高的靈敏度,與CRISPR技術(shù)合二為一,將純化過(guò)的DNA樣本放在芯片上,幾分鐘便可得知檢測(cè)結(jié)果。
自基因檢測(cè)蓬勃發(fā)展,成為臨床醫(yī)師及遺傳學(xué)專(zhuān)家尋找致病基因突變的利器。該研究團(tuán)隊(duì)也通過(guò)杜氏肌肉萎縮癥(Duchenne Muscular Dystrophy, DMD)突變基因位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)證實(shí)其功效。
以DMD兩種常見(jiàn)突變基因的檢體樣本進(jìn)行CRISPR-Chip檢測(cè),在15分鐘內(nèi)芯片輸出資訊的靈敏度為1.7 fM,其輸出信號(hào)相較于沒(méi)有基因標(biāo)靶(gene targeting)序列的樣本來(lái)的高。由于DMD是大量的肌肉營(yíng)養(yǎng)不良蛋白基因突變引起,使用CRISPR-Chip可以節(jié)省PCR成本及上機(jī)時(shí)間,更能協(xié)助醫(yī)師為患者規(guī)劃個(gè)人化治療和預(yù)防治療,如個(gè)體抗藥性基因篩檢、遺傳篩檢。另外,該技術(shù)也可監(jiān)測(cè)CRISPR與特定DNA序列結(jié)合與否,或是引導(dǎo)RNA(guide RNA, gRNA)設(shè)計(jì)的正確性。
該研究的共同作者加利福尼亞大學(xué)柏克萊分校(The University of California, Berkeley)生物工程學(xué)教授Niren Murthy表示,只需要從患者身上抽取檢體,DNA樣本純化后與CRISPR-Chip結(jié)合隨即檢測(cè)DNA序列,是該技術(shù)最重要的優(yōu)勢(shì),這將引領(lǐng)床邊檢測(cè)(bedside assay)趨勢(shì)。
最后,他們希望持續(xù)優(yōu)化并推出更多樣化的CRISPR-Chip技術(shù)應(yīng)用,未來(lái)設(shè)計(jì)出一次多種的引導(dǎo)RNA(gRNA)進(jìn)行檢測(cè),達(dá)到短時(shí)間偵測(cè)多個(gè)基因突變的目標(biāo)。
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芯片
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基因檢測(cè)
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原文標(biāo)題:無(wú)需PCR也行的新型基因檢測(cè)技術(shù):CRISPR芯片
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