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生物芯片掃描儀在進行高速高分辨率掃描時對實時性要求很高，用一般微控制器難以實現。在介紹生物芯片掃描儀工作原理的基礎上，提出了一種基于FPGA控制的生物芯片數據采集系統的設計方法，使生物芯片掃描儀在5斗m分辨率下掃描速度達到20線／s。
生物芯片是二十世紀末隨“人類基因組計劃”的研究和發展而產生的一項高新技術芯片，廣泛應用于分子生物學、疾病基因診斷、藥物開發、司法鑒定等領域，有力地促進了當代生命科學的發展。生物芯片技術是指將大量探針分子固定于載體（如玻片、金屬片、高分子材料制作的薄膜等）中，然后與標記的樣品分子進行雜交，通過檢測雜交信號的強度及分布而對樣品分子的序列和數量進行分析的一項技術。生物芯片按標記種類可分為熒光染料標記、化學發光標記和放射性標記三種芯片，現在大部分生物芯片采用cy3、cy5兩種熒光染料來標記［1】。生物芯片掃描儀就是對熒光染料標記的生物芯片析的儀器。目前在面積為22mmx75mm的標準生物芯片上，樣品分子熒光點數已達6萬以上，只能用51xm的分辨率掃描這樣高密度的生物芯片。因此，高速高分辨率掃描對生物芯片掃描儀實時數據采集提出了更高的要求，用一般的微控制器難以實現。本文設計了一種基于FPGA控制的生物芯片數據采集系統，使生物芯片掃描儀在51xm分辨率下以20線／s的速度掃描時仍具有良好的掃描質量。
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